Gastrointestinal Şikâyeti Olan Hastalarda Helicobacter pylori’nin Dışkı Temelli Tanısı, Virülans Genlerinin Tespiti ve Klaritromisin Direncinin Moleküler Analizi

Gastrointestinal Şikâyeti Olan Hastalarda Helicobacter pylori’nin Dışkı Temelli Tanısı, Virülans Genlerinin Tespiti ve Klaritromisin Direncinin Moleküler Analizi [Kafkas J Med Sci]

Kafkas J Med Sci. 2026; 16(1): 29-35 | DOI: 10.5505/kjms.2026.84665

Gastrointestinal Şikâyeti Olan Hastalarda Helicobacter pylori’nin Dışkı Temelli Tanısı, Virülans Genlerinin Tespiti ve Klaritromisin Direncinin Moleküler Analizi

Elif Aydın¹, Elif Aydın², Ayten Nur Uzun³, Duygu Perçin Renders³, Aysun Çalışkan Kartal⁴, Süleyman Coşgun⁴
¹Kütahya Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Kütahya
²Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ağrı
³Kütahya Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kütahya
⁴Kütahya Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İç Hastalıkları Anabilim Dalı, Kütahya

Amaç: Bu çalışmanın amacı, gastrointestinal şikâyetleri olan hastaların dışkı örneklerinden Helicobacter pylori DNA’sını, başlıca virülans genlerini (cagA, vacA s1/s2, iceA1/A2) ve klaritromisin direncinden sorumlu mutasyonları moleküler yöntemlerle saptamaktır.
Materyal ve Metot: Nisan–Temmuz 2023 tarihleri arasında gastrointestinal şikâyetleri olan 60 hastadan alınan dışkı örnekleri çalışmaya dâhil edilmiştir. DNA ekstraksiyonu sonrasında, H.pylori ve virülans genlerinin (cagA, vacA s1/s2, iceA1/A2) tespiti için konvansiyonel PCR uygulanmıştır. Klaritromisin direncine neden olan mutasyonların belirlenmesi amacıyla gerçek zamanlı PCR (qPCR) yöntemi kullanılmıştır.
Bulgular: Örneklerin %28,3’ünde (n=17) H.pylori genomu tespit edilmiştir. Pozitif olguların %17,6’sında cagA geni, %23,5’inde ise vacA s1 alt tipi saptanmıştır. vacA s2 ve iceA1/A2 genleri ise tespit edilmemiştir. qPCR analizinde H.pylori pozitif örneklerin %68,4’ünde klaritromisin direncine ilişkin mutasyonlar belirlenmiştir.
Sonuç: Moleküler dışkı testleri, H.pylori’nin tanısı ve antibiyotik direnç tiplenmesi açısından non-invaziv ve uygulanabilir bir yöntem olarak değerlendirilebilir. Ancak düşük DNA verimi, PCR inhibitörlerinin varlığı ve sınırlı örneklem büyüklüğü gibi teknik kısıtlılıklar duyarlılığı etkilemiş olabilir. Endoskopik girişimlerin kısıtlı olduğu merkezlerde, non-invaziv moleküler yaklaşımlar tedavi planlamasında etkili ve pratik bir alternatif sunabilir.

Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, klaritromisin direnci, virülans genleri, cagA; vacA; dışkı örneği

Stool-based Diagnosis of Helicobacter pylori, Detection of Virulence Genes and Molecular Analysis of Clarithromycin Resistance in Patients with Gastrointestinal Complaints

Elif Aydın¹, Elif Aydın², Ayten Nur Uzun³, Duygu Perçin Renders³, Aysun Çalışkan Kartal⁴, Süleyman Coşgun⁴
¹Vocational School of Health Services, Kutahya Health Sciences University, Kutahya, Türkiye
²Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Agri Ibrahim Cecen University, Agri, Türkiye
³Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Kutahya Health Sciences University, Kütahya, Türkiye
⁴Department of Internal Medicine, Faculty of Medicine, Kutahya Health Sciences University, Kütahya, Türkiye

Aim: This study aimed to detect Helicobacter pylori DNA, major virulence genes (cagA, vacA s1/s2, iceA1/A2), and clarithromycin resistance-associated mutations directly from stool samples of patients presenting with gastrointestinal complaints using molecular techniques.
Material and Method: Stool samples from 60 patients collected between April and July 2023 were included in the study. Following DNA extraction, conventional PCR was performed to detect H.pylori and its virulence genes (cagA, vacA s1/s2, iceA1/A2). Real-time PCR (qPCR) was used to identify mutations associated with clarithromycin resistance.
Results: H.pylori DNA was detected in 28.3% (n=17) of the samples. Among positive cases, the cagA gene was identified in 17.6% and the vacA s1 subtype in 23.5%. The vacA s2 and iceA1/ A2 genes were not detected. In qPCR analysis, clarithromycinresistance mutations were found in 68.4% of the H.pylori–positive samples (n=19).
Conclusion: Molecular stool-based testing appears to be a relevant non-invasive approach for both diagnosis and antibiotic resistance profiling of H.pylori. However, technical limitations such as low DNA yield, PCR inhibitors, and small sample size may have reduced sensitivity. Non-invasive molecular strategies may serve as practical and effective alternatives for treatment stratification, particularly in settings where endoscopic procedures are not readily accessible.

Keywords: Helicobacter pylori, clarithromycin resistance, virulence genes, cagA; vacA; stool sample; non-invasive testing

Elif Aydın, Elif Aydın, Ayten Nur Uzun, Duygu Perçin Renders, Aysun Çalışkan Kartal, Süleyman Coşgun. Stool-based Diagnosis of Helicobacter pylori, Detection of Virulence Genes and Molecular Analysis of Clarithromycin Resistance in Patients with Gastrointestinal Complaints. Kafkas J Med Sci. 2026; 16(1): 29-35

Sorumlu Yazar: Elif Aydın, Türkiye

ARAÇLAR