Hepatitis C Genotype Assay and Sequence Analysis at a University Hospital in Eastern Türkiye

Hepatitis C Genotype Assay and Sequence Analysis at a University Hospital in Eastern Türkiye [Kafkas J Med Sci]

Kafkas J Med Sci. 2023; 13(3): 279-286 | DOI: 10.5505/kjms.2023.47108

Hepatitis C Genotype Assay and Sequence Analysis at a University Hospital in Eastern Türkiye

Çiğdem Eda Balkan Bozlak¹, Abdullah Gümüş¹, Ahmet Yılmaz²
¹Kafkas University, Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Kars, Türkiye
²Ataturk University, Vocational School of Health Services, Department of Medical Laboratory Techniques, Erzurum, Türkiye

Aim: Hepatitis C virus (HCV) is a virus with many genotypes and subtypes that can cause cirrhosis, liver failure, and cancer worldwide. Countries must also identify their genotypes and subtypes to determine the treatment process for HCV infections. This study aimed to determine the HCV genotype among 71 patients who visited Kafkas University Hospital and tested positive for anti-HCV via macro-ELISA over three years.
Material and Method: 71 samples collected from patients admitted to our hospital and identified as anti-HCV positive using the ELISA method were included in our study. The 5’untranslated region (5’UTR) region of HCV was amplified and sequenced by PCR. 5’-ctgtgaggaactactgtctt-3’ and 5’-atactcgaggtgcacggtctacgagacct- 3’ primers were used for 5’UTR region. Sequence reactions were conducted on an ABI Prism 3130xl DNA sequencer, and sequence analysis was performed. The resulting sequence was screened in HCV Databank to detect genotype.
Results: The HCV genotype distribution of 56 samples was as follows: 27 (48%) patients were male and 29 (51%) were female. Genotype1a, 6 (8.5%); Genotype1b, 40 (71%); Genotype3a, 7 (12%); Genotype4, 3 (6%). According to our results, Type1b, the most common species in Türkiye, was also found to be the highest in our city.
Conclusion: We hope this study provides the regional distribution of the procedures to be followed in the formation of treatments for HCV-positive patients in Türkiye since it is the first study to determine HCV genotype in our region.

Keywords: HCV, genotype, subtypes, sequence analysis; polymerase chain reaction

Türkiyenin Doğusunda Bir Üniversite Hastanesinde Hepatit C Genotip Testi ve Sekans Analizi

Çiğdem Eda Balkan Bozlak¹, Abdullah Gümüş¹, Ahmet Yılmaz²
¹Kafkas Universitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü
²Atatürk Üniversitesi, Sağlık Hizmetleri Yüksek Okulu, Tıbbi Laboratuvar Teknikleri Bölümü

Amaç: Hepatit C virüsü (HCV), dünya çapında siroz, karaciğer yetmezliği ve kansere neden olabilen birçok genotip ve alt tipi olan bir virüstür. HCV enfeksiyonlarının tedavi sürecini belirlemek için ülkelerin HCV genotiplerini ve alt tiplerini belirlemeleri de önemlidir. Bu çalışmada üç yıldır Kafkas Üniversitesi Hastanesi’ne gelen ve makro-ELISA’da anti-HCV pozitif bulunan 71 hastada HCV genotipini belirlemeyi amaçladık.
Materyal ve Metot: Hastanemize başvuran ve ELISA yöntemi ile anti-HCV pozitif saptanan hastalardan alınan 71 örnek çalışmamıza dâhil edildi. HCV genomunun 5’çevrilmemiş bölgesi (5’UTR) bölgesi, PCR ile amplifiye edildi ve sekanslandı. 5’UTR bölgesi için 5’-ctgtgaggaactactgtctt-3’ ve 5’-atactcgaggtgcacggtctacgagacct- 3’ primerleri kullanıldı. Sekans reaksiyonları, bir ABI Prism 3130xl DNA sekanslayıcı üzerinde gerçekleştirildi ve sekans analizi yapıldı. Ortaya çıkan sekans, genotipi tespit etmek için HCV Veri Bankasında tarandı.
Bulgular: Elli altı örneğin HCV genotip dağılımı şu şekildeydi; Hastaların 27’si (%48) erkek, 29’u (%51) kadındı. Genotip la, altı (%8,5); Genotip 1b, kırk (%71); Genotip 3a, yedi (%12); Genotip 4, üç (%6). Türkiye’de en yaygın tür olan Type1b, sonuçlarımıza göre ilimizde de en yüksek tür olarak bulundu.
Sonuç: HCV genotipini belirlemeye yönelik ilk çalışma olması nedeniyle bölgemizin Türkiye’de HCV pozitif hastalara uygulanacak tedavilerin oluşturulmasında izlenecek prosedürlerin bölgesel dağılımına katkı sağlayacağını umuyoruz.

Anahtar Kelimeler: HCV, genotip, alt tipler, sekans analizi; polimeraz zincir reaksiyonu

Çiğdem Eda Balkan Bozlak, Abdullah Gümüş, Ahmet Yılmaz. Hepatitis C Genotype Assay and Sequence Analysis at a University Hospital in Eastern Türkiye. Kafkas J Med Sci. 2023; 13(3): 279-286

Corresponding Author: Ahmet Yılmaz, Türkiye

TOOLS