Investigation of Viral and Bacterial Agents in Samples Taken from Patients with Suspected Upper Respiratory Tract InfectionYasemin Dostuoğlu, Murat KarameseDepartment of Medical Microbiology, Kafkas University Faculty of Medicine, Kars, Türkiye
Aim: Upper respiratory tract infection (URTI) complaints are the most common causes of admission to outpatient clinics and rapid detection by Multiplex-PCR method contributes to the monitoring and control of infection by easily evaluating the etiology of viral and bacterial agents regionally. This study aimed to evaluate the etiology of pathogens with a 24-X viral and bacterial respiratory Multiplex-PCR panel in patients admitted to Kafkas University Health Research and Application Hospital with URTI symptoms between November 2023 and February 2024.
Materials and Methods: The presence of viral and bacterial pathogens was analyzed by Multiplex-PCR method in nasopharyngeal swab samples obtained from 100 patients diagnosed with URTI by physical examination such as allergic rhinitis and acute bronchitis. The respiratory panel contained 24 different microorganisms such as SARS CoV-2, Influenza-A/B, Human Rhinovirus/Enterovirus, Human Metapneumovirus, Respiratory Syncytial Virus A/B, Human Parainfluenza Virus-1/2/3/4, Human Coronavirus 229E/OC43/ NL63/HKU1, Human Parechovirus, Adenovirus, Human Bocavirus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Legionella pneumophila and Bordotella pertussis.
Results: According to the findings, the highest number of applications was in January. Out of 100 patients, 73% (n=73) were positive and 27% (n=27) were negative, the most common viral agent was INF A (n=33, 26.9%) while the most common bacterial agent was S.pneumoniae (n=19, 15.4%). Of 73 positive patients, 38.3% (n=28) had co-infections, 11% (n=8) had only bacterial agents, and 50.7% (n=37) had viral agents.
Conclusions: In conclusion, URTI agents were rapidly detected by Multiplex-PCR and their incidence was investigated in this study. Finally, it aims to prevent possible epidemics, unnecessary antibiotic use, mortality and morbidity and to contribute to other academic studies with rapid diagnosis and treatment of URTI infections. Keywords: URTI, SARS-CoV-2, influenza, multiplex PCR
Üst Solunum Yolu Enfeksiyonu Şüphesi Olan Hastalardan Alınan Örneklerde Viral ve Bakteriyel Etkenlerin AraştırılmasıYasemin Dostuoğlu, Murat KarameseKafkas Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kars
Amaç: Üst solunum yolu enfeksiyonu (ÜSYE) şikâyetleri polikliniklere en sık başvuru nedenidir. ve Multiplex-PCR yöntemi ile hızlı tespit, viral ve bakteriyel etkenlerin etiyolojisini bölgesel olarak kolayca değerlendirerek enfeksiyonun izlenmesine ve kontrolüne katkı sağlamak oldukça önem arz etmektedir. Bu çalışmanın amacı, Kasım 2023-Şubat 2024 tarihleri arasında Kafkas Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Hastanesine ÜSYE semptomları ile başvuran hastalarda 24-X viral ve bakteriyel Solunum Yolu Multiplex-PCR paneli ile patojenlerin etiyolojisini değerlendirmektir.
Gereç ve Yöntem: Alerjik rinit ve akut bronşit gibi ÜSYE ön tanısı konulan 100 hastadan alınan nazofarengeal sürüntü örneklerinde viral ve bakteriyel patojenlerin varlığı Multiplex-PCR yöntemi ile analiz edilmiştir. Solunum paneli SARS CoV-2, Influenza-A/B, Human Rhinovirus/Enterovirus, Human Metapneumovirus, Respiratory Syncytial Virus A/B, Human Parainfluenza Virus-1/2/3/4, İnsan Coronavirus 229E/OC43/NL63/HKU1, İnsan Parechovirus, Adenovirus, İnsan Bocavirus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Legionella pneumophila ve Bordotella pertussis gibi 24 farklı mikroorganizma içermekteydi.
Bulgular: En yüksek başvuru sayısı ocak ayında gerçekleşmiştir. Yüz hastanın %73’ü (n=73) pozitif, %27’si (n=27) negatif olup, en sık görülen viral etken INF A (n=33, %26,9), en sık görülen bakteriyel etken ise S. pneumoniae (n=19, %15,4) olarak raporlanmıştır. Pozitif 73 hastanın %38,3’ünde (n=28) en az iki ajanın etken olduğu ko-enfeksiyon mevcuttu.
Sonuç: Bu çalışmada ÜSYE etkenleri Multiplex-PCR ile hızlı bir şekilde tespit edilmiş ve görülme sıklıkları araştırılmıştır. Sonuç olarak, ÜSYE enfeksiyonlarının hızlı tanı ve tedavisi ile olası salgınların, gereksiz antibiyotik kullanımının, mortalite ve morbiditenin önlenmesi ve diğer akademik çalışmalara katkı sağlanması amaçlanmıştır. Anahtar Kelimeler: ÜSYE, SARS-CoV-2, influenza, multiplex PCR
Yasemin Dostuoğlu, Murat Karamese. Investigation of Viral and Bacterial Agents in Samples Taken from Patients with Suspected Upper Respiratory Tract Infection. Kafkas J Med Sci. 2025; 15(1): 58-63
Corresponding Author: Murat Karamese, Türkiye |
|
Full Text PDF
Print
Download citation
RIS
Share with email
Share
Send email to author
PubMed
